同治六年十一月淡北大地震,廟宇倒塌,至同治十二年重建告竣始見規模。光緒二十七年增建前殿、東西廡及整修後殿,結合金包里堡全堡力量;下庄(今石門鄉東部)負擔左廡;中庄(今金山鄉) 負擔前殿;頂庄(今萬里鄉) 負擔右廡。民國二十四年,金山庄役場發起募建;修建為閩南式宮殿;六十五年兩廡修建為鐘鼓樓,民國七十年十月成立法人體制「財團法人台灣省台北縣金包里慈護宮」;民國七十六年興建聖母大樓。環觀慈護宮整體建築;氣勢磅礡、富麗堂皇;堪為北海岸地區最莊嚴的宗教禮神聖地。
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